Malgré la mise en œuvre de conditions de conservation appropriées, et un soin particulier apporté aux collections du Muséum-Aquarium, il arrive que des dégradations soient constatées sur les spécimens. Ces altérations s'inscrivent dans l'histoire matérielle de l'objet au sein du musée avec de trop nombreuses manipulations, d'anciennes retouches ou des conditions d'exposition autrefois inadaptées. Elles peuvent être également liées à la façon dont le spécimen a été préparé ou à sa nature même (en particulier les spécimens aquatiques conservés à sec).

Ces dégradations sont des phénomènes courants dans la vie d'un spécimen de muséum et le contexte d'une intervention de conservation-restauration est en général varié. Il peut être lié à un chantier des collections, une mesure d'urgence sur un objet en péril, un programme pluriannuel de restauration ou un projet d'exposition temporaire. Il s'avère ainsi nécessaire de définir les priorités d'intervention dans le cadre du projet d'établissement.

En tant que musée de France, le Muséum-Aquarium sollicite des restaurateurs habilités à intervenir sur de telles collections, dans le respect du Code du Patrimoine. Les projets de restauration sont soumis à l'avis de la commission scientifique régionale compétente en matière de conservation-restauration. Celle-ci examine les dossiers de restauration, notamment leur pertinence par rapport à l'établissement, la nature et les conditions matérielles de l'intervention, ainsi que les qualifications professionnelles de l'intervenant. Toute opération de conservation-restauration fait l'objet d'une documentation approfondie et argumentée relative à l'intervention, avec des prises de vue détaillées.